Il est difficile de dater la création de l'Herbier Boissier. Il est clair cependant qu'Edmond Boissier (1810-1885) tenait déjà un herbier et qu'il réalisait des échanges botaniques de son vivant. Il est composé des propres récoltes d'Edmond Boissier, ainsi que de celles de Georges François...
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Il est difficile de dater la création de l'Herbier Boissier. Il est clair cependant qu'Edmond Boissier (1810-1885) tenait déjà un herbier et qu'il réalisait des échanges botaniques de son vivant. Il est composé des propres récoltes d'Edmond Boissier, ainsi que de celles de Georges François Reuter (1805-1872) et William Barbey (1842-1914). Il comprend aussi de nombreux dons et acquisitions de collecteurs de l'Orient, de la péninsule ibérique et du reste de l'Europe et d'Amérique du Sud, qui seront intégrés à l'Herbier jusqu'en 1944. C'est à partir du décès d'Edmond Boissier en 1885 que l'herbier devient une institution à part entière, aux mains de son gendre William Barbey puis sa femme Caroline Barbey-Boissier (1847-1918) jusqu'à son décès en 1918. Leurs fils Camille (1870-1953), Auguste (1872-1948) et Maurice (1874-1938) participeront aussi à sa gestion. L'Institut de botanique de l'Université de Genève, dirigé par Robert Chodat (1865-1934),qui a collaboré avec Gustave Beauverd (1867-1942), conservateur de l'Herbier Boissier, récupère ce dernier avec l'aval du recteur de l'Université Raoul Gautier (1854-1931). En 1943, une convention est signée entre l'État de Genève, dont dépend l'Université, et la Ville de Genève, dont fait partie le Conservatoire botanique, pour y transférer l'Herbier Boissier, ce qui ne se réalisera qu'en 1958. Il est tout d'abord conservé dans le bâtiment de la Console avec d'autres herbiers, avant d'être déplacé dans le nouveau bâtiment du Conservatoire en 1975 où il est toujours conservé aujourd'hui. Il sera tenu en parallèle par plusieurs conservateurs : Georges François Reuter le gérait du vivant de Boissier ; Martin Bernet (1815-1887) lui succède jusqu'à son décès en 1887 ; Eugène Autran (1838-1920) prend la suite jusqu'en 1900, date où il mécontente William Barbey ; Gustave Beauverd est choisi ensuite par William Barbey et suit l'herbier à l'Institut de botanique jusqu'en 1940, quand son âge le contraint à prendre sa retraite ; Constantin de Regel (1890-1970) s'en occupe jusqu'en 1943 ; Karl Heinz Rechinger de Vienne (1906-1998) en prend temporairement la charge en 1944 ; Philippe de Palézieux (1871-1957) prend la suite de Regel jusqu'en 1952 et fait remplacer l'ordre systématique de l'Herbier par un ordre alphabétique afin d'en simplifier la consultation et les prêts ; Gilbert Bocquet (1927-1986) en est le conservateur jusqu'en 1965. Un projet est lancé par le directeur des Conservatoire et Jardin botaniques Charles Baehni (1906-1964) en 1963 pour séparer l'Herbier du Flora Orientalis du reste de l'Herbier Boissier. Ce travail sera réalisé par Marguerite Mermoud (1886-1982) sous la supervision de Gilbert Bocquet et sera achevé en 1974, peu avant le déménagement de l'Herbier Boissier de la Console.